Čižnára pred rokom zvolili za generálneho prokurátora

Čižnár na post kandidoval zo stoličky bratislavského krajského prokurátora. Nominovali ho poslanci strany Roberta Fica a v tajných voľbách ho podporilo 82 z 82 prítomných poslancov. Opoziční zákonodarcovia sa na voľbe nezúčastnili. Opozícia novú voľbu generálneho prokurátora považovala za protiústavnú, keďže dva roky pred touto voľbou 17. júna 2011 parlament zvolil v tajnej voľbe za kandidáta Jozefa Čentéša. Smer-SD bol vtedy opozičnou stranou a voľbu namietal pre jej spolitizovanie. Vtedajší prezident Ivan Gašparovič po roku a pol od Čentéšovho zvolenia v parlamente verejnosť informoval, že do funkcie ho nevymenuje, neskôr sa Gašparovič vyjadril, že neexistuje taká možnosť, že by Čentéša vymenoval. Spor o nevymenovaní Čentéša, ktorý podal dve ústavné sťažnosti, je stále na ústavnom súde.

Opozícia vyzývala Gašparoviča, aby nevymenoval za generálneho prokurátora Jaromíra Čižnára až do rozhodnutia ústavného súdu v sťažnosti Čentéša. Gašparovič sa napokon k vymenovaniu Čižnára odhodlal po mesiaci od zvolenia 17. júla 2013. Jaromír Čižnár zložil v Prezidentskom paláci sľub a podpísal dekrét o svojom menovaní. „Zvážil som všetky aspekty, právne aj ostatné, ktoré by mohli namietať vaše vymenovanie. Zistil som, že niet takého dôvodu, preto som sa takto rozhodol,“ vyhlásil po menovaní Gašparovič. Slovensko tak malo dva a pol roka po skončení funkčného obdobia Dobroslava Trnku opäť generálneho prokurátora. 

Krátko po Čižnárovom príchode do čela prokuratúry tam skončil Trnka vo funkcii námestníka generálnej prokuratúry a Ladislav Tichý opustil funkciu prvého námestníka. Trnka sám požiadal Čižnára o zrušenie poverenia, Tichý mu ponúkol svoju abdikáciu. 

Čižnár v auguste 2013 vymenoval do funkcie prvého námestníka generálneho prokurátora svojho dlhoročného spolupracovníka Reného Vaneka. Funkciu námestníka generálneho prokurátora pre trestný úsek obsadil Petrom Šufliarskym. Ten bol touto funkciou poverený odvtedy, čo na post abdikoval Trnka. Na generálnej prokuratúre nastali ďalšie zmeny vlani v októbri, trestný odbor odvtedy už nevedie Tibor Šumichrast. Vedením odboru bola dočasne poverená Ľubica Chlpíková. Ďalšia zmena sa udiala na odbore osobitného určenia – Čižnár dočasne jeho vedením poveril Jozefa Kanderu. Prokuratúru na prelome rokov opustila Eva Mišíková, vtedajšia zástupkyňa riaditeľa odboru osobitného určenia, ktorá sa vzdala funkcie prokurátora. 

V Čižnárovom prvom roku v čele prokuratúry sa na verejnosti hovorilo najmä o troch kauzách, ktoré riešila. Čižnár napokon odvolal okresného prokurátora v Nitre Igora Senešiho v súvislosti s postupom pri riešení kauzy októbrového útoku údajných neonacistov na ľudí z nitrianskeho baru Mariatchi. Päticu mužov, ktorí sa podľa polície dopustili začiatkom októbra útoku na ľudí z nitrianskeho baru, zadržali a obvinili až 28. januára, keď bol medializovaný kamerový záznam bitky pred barom. Dva dni po tom ich nechala prokurátorka prepustiť, hoci polícia pripravila návrh na ich väzbu. Generálna prokuratúra si od nitrianskej prokurátorky najprv vyžiadala analýzu kauzy. Tá jej nestačila, napokon požiadala aj o spisy, aby ich mohla preskúmať. Po stretnutí s nitrianskym okresným a krajským prokurátorom Čižnár konštatoval pochybenia a nariadil disciplinárne konzekvencie. Šéf krajskej prokuratúry napokon vytkol prokurátorke, ktorá mala služobnú pohotovosť 5. a 6. októbra 2013, teda v noci incidentu, že nespísala záznam o oznámení zadržania podozrivých osôb a ich následného prepustenia zo zadržania. Druhé opatrenie prijal krajský prokurátor voči dozorovej prokurátorke prípadu. Tej uložil napomenutie pre porušenie základných povinností prokurátora vykonávať svoje služobné povinnosti svedomite a bez prieťahov. 

Čižnár dal prokurátorovi GP preveriť zastavenie trestného stíhania v kauze emisií z čias prvej vlády Roberta Fica, lebo kauzu považuje z hľadiska celospoločenského významu za veľmi dôležitú. Skúmaním na generálnej prokuratúre dospeli k tomu, že špeciálna prokuratúra v tomto prípade postupovala správne. Podľa preverujúceho prokurátora kauzy sa z dôkazov dal urobiť jediný záver, že „skutok, pre ktorý sa viedlo trestné stíhanie, sa stal, ale nie je trestným činom“. Prokurátor konštatoval, že okolnosti tejto obchodnej transakcie, ktoré sa môžu navonok javiť ako nevýhodné pre Slovenskú republiku z finančného hľadiska, nemusia byť a nie sú zároveň trestným činom. Vyšetrovatelia sa v tomto prípade od roku 2009 zaoberali kauzou predaja slovenských emisných limitov garážovej firme Interblue Group. Slovensko jej v závere roka 2008, keď rezort životného prostredia ovládala SNS, predalo 15 miliónov ton emisných limitov AAU za približne 75 miliónov eur. Jednotková cena za tonu bola 5,05 eura. Kritici predaja vyčítajú jeho nevýhodnosť v porovnaní s okolitými krajinami, štát podľa nich v obchode prerobil zhruba 47 miliónov eur. 

Prokurátor generálnej prokuratúry začiatkom apríla ukončil po siedmich rokoch kauzu Hedvigy Malinovej Žákovej a podal na ňu obžalobu pre skutok právne kvalifikovaný ako prečin krivej výpovede a prísahy. Obžaloba bola podaná na Okresný súd v Nitre. Kauza Hedviga sa začala v lete 2006. Cestou do školy na skúšku ju napadli dvaja útočníci a na blúzku jej napísali Maďari za Dunaj. Polícia prípad uzatvorila s tým, že sa nestal tak, ako ho poškodená opísala. Tá sa na postup slovenských štátnych orgánov sťažovala na Európskom súde pre ľudské práva. Prípad vyvolal veľký ohlas na politickej scéne. Bývalá vláda Ivety Radičovej sa Hedvige Malinovej Žákovej ospravedlnila a sťažnosť sa napokon skončila dohodou o zmieri.